南京农业大学理学院成立于1996年，是南京农业大学数理化学科教学与学术研究的主要单位。学院现设数学系、物理系、化学系三个系，物理实验教学、化学实验教学两个中心。现有信息与计算科学、应用化学、统计学三个本科专业；数学、化学两个硕士一级授权点，生物物理、应用统计、材料与化工三个二级硕士授权点；天然产物化学和生物物理学两个博士授权点。
学院现有教职工126人，专职教师108人，其中教授17名，副教授55人。先后有10人获教育部、农业部优秀教师荣誉称号，1人获农业部突出贡献的中青年专家称号，11人获国家政府特殊津贴，1人为江苏省特聘教授。20余人次入选江苏省“特聘教授”、“青蓝工程”、“333工程”培养对象、“六大人才高峰”、“双创博士”等。
理学院学科特色鲜明，立足数理化基础学科的专业研究，坚持与南农大特色学科的交叉融合，致力协同发展之路。化学学科为全球ESI前1%学科、江苏省重点学科，2022年，应用化学专业入选国家一流本科专业。学院近5年主持国家级、省级等各级各类科研项目80余项，公开发表科研学术论文近800篇。先后获得江苏省优秀教学成果奖一等奖、二等奖各2项，江苏省优秀课程群2项，江苏省二类优秀课程2项，江苏省一流本科课程1门，国家级规划教材5本，江苏省重点教材3本。
学院有7个基础研究与技术平台，包括农药学实验室、应用化学研究所和同位素实验室、农产品安全与质量检测中心、农药创制中心、数学建模实验室、理化分析中心、大数据分析中心和物理仿真实验室，其中农药学实验室为江苏省高校重点实验室。现有各类教学、科研实验室3000多平方米，教学科研设备齐全，万元以上仪器设备百余套。
理学院在学生专业培养中着力创新，强基固本，同时更注重第二课堂在学生培养过程中的突出作用，致力于培养和输送全面发展的新型人才。
学院坚持“三全育人”，以制度引导新生成为“高尚人”“文明人”和“健康人”。
促进党建发展，以信仰培育人才。从日常的主题党日活动，到生动、富有感染力的“三会一课”，再到党校培训、理论学习、座谈会等，院党委始终坚持为党育人，为国育才。
学院文化活动丰富多彩，文艺方面举办合唱比赛、辩论赛等，百花齐放；体育活动精彩纷呈，如运动会、趣味游园会，展现青春活力。在各项赛事中，学院学子奋勇争先，屡创佳绩！
推进科研训练，以竞赛锻炼能力。学院学子在美国大学生数学建模竞赛、国际基因工程机器大赛等重量级国际赛事上斩获最高奖，在省级及以上赛事获奖100余人次，国家级近20人次。
以志愿服务为抓手，爱国主义教育基地、社区、企业，多方联动，共同打造实践育人合力，注重引领青年大学生在社会志愿服务中，用实际行动践行社会主义核心价值观。
对内，学院邀请了清华大学金涌院士等国内外专家学者做专题学术报告，开拓学生的科研视野，营造学院学术氛围。对外，学院提供国际交流平台，连续多年组织学生参与美国加州州立理工大学大学生创新创业领导力项目，开拓国际视野。
历年来，理学院学生毕业率和学位授予率均在96%以上，学生毕业去向落实率在91%以上，其中国内升学40%左右，国外深造10%左右，直接就业40%左右。
以2024届毕业生为例，学生就业去向，42%为教育单位，16%为国有企业，5%为机关等事业单位，37%去了大中型企业。在就业行业分布上，以教育单位为主；学生就业升学地域主要集中在长三角一带；国内升学或者深造单位主要为国内985高校或者世界高水平大学，出国深造基本以英国、美国为主。
