南京农业大学理学院最早可追溯到1956年设立的直属基础课教研组，1962年学校在原农业物理系基础上成立基础课系，将外语教研组、体育教研组划归基础课系，1984年基础课系改为基础课部，并将土化系有机化学和无机化学两个教研组划归基础课部，同时建立中心实验室，1994年改名为基础科学学院，1996年正式成立理学院，是国内农林院校最早设立的理学院之一。

学院现设有数学系、物理系、化学系3个系，物理、化学2个实验教学中心，且均为江苏省基础课实验教学示范中心。学院现有信息与计算科学、应用化学、统计学3个本科专业；天然产物化学和生物物理学2个博士授权点；数学、化学2个硕士一级授权点；生物物理、应用统计，材料与化工3个二级硕士授权点。应用化学本科专业为国家一流本科专业建设点。

学院设7个基础研究与技术平台，分别为农药学实验室、农药创制中心、应化研究所和同位素实验室、理化分析中心、数学建模实验室、数据分析中心、农产品安全与质量检测中心。2011年，农药学实验室（与植保学院共建）获批江苏省高校重点实验室。2016年化学学科获批江苏省重点（培育）学科，2019年进入ESI全球前1%。基础学科（数理化）先后入选学校第一轮、第二轮“双一流”建设学科行列。学院现已成为公共基础教育与专业教育相结合、本科生培养与研究生培养并重、教学与科研协调发展的教学研究型学院。

学院现有教职工129人，专职教师110人，专任教师中全职教授18人，副教授55人，具有博士学位的教师85人，学历层次、职称结构及年龄结构较为合理，另聘有国内外知名高校兼职教授5人。目前在校生900余人，其中本科生761人，硕士、博士研究生197人。现有各类实验室3000多平方米，万元以上仪器设备百余套。另设有专业资料室、计算机房等。

学院先后有10人获教育部和农业部优秀教师荣誉称号，1人获农业部突出贡献的中青年专家称号，11人获国家政府特殊津贴。江苏省 “333工程”培养对象4人、“青蓝工程”培养对象6人、江苏省特聘教授1人、南京农业大学“钟山学者”学术骨干3人、学术新秀7人。先后获国家发明奖1项，部、省级学术奖励26项。“十四五”以来，主持国家自然科学基金项目38项，纵向经费到账近1300万元。新增发表SCI、EI论文数281篇，影响因子＞10.0论文54篇，影响因子＞5.0论文146篇，教师获授权国家发明专利30项。先后主持省部级等各级教改研究项目80余项，获江苏省优秀教学成果一等奖2项、江苏省优秀教学成果二等奖2项、江苏省优秀课程群2项、江苏省二类优秀课程2项。正式出版教材和专著近30本，7本公共基础课教材入选农业部“十四五”规划教材，3本教材获批江苏高等学校重点教材立项建设，2本教材获中华农业基金会优秀教材奖。在指导全国大学生数学建模竞赛和江苏省高等数学竞赛中，多次荣获全国一等奖和江苏赛区一等奖。

“师者，所以传道授业解惑也”，学院以教学立身、以育人为己任，全力打造一支教学与科研并重、综合专业素质高的师资队伍。“十四五”以来，学院40余人次获评“教书育人楷模”、“师德标兵”、“优秀教师”、“青年教师授课比赛奖项”和“教学质量优秀奖”等。本科生就业率保持在95%左右，研究生就业率达100％。本科毕业生以升学为主，其中国内升学约40%、出国深造约10%，升学深造单位主要为清华大学、南京大学等世界一流大学。直接就业学生主要集中在长三角地区，约占75%，毕业生就业单位主要为中等教育、高等教育、机关事业单位、国有企业等。

面向未来，学院以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，坚持以立德树人为根本，以学科建设为龙头，以师资队伍为关键，以基础研究为突破，双轮驱动教学科研工作，力争早日建设成为我国涉农高校一流理学院。